برای تعیین فرآیند مناسب جهت تصفیه فاضلاب صنایع غذایی ، در ابتدا باید میزان و محل مصرف آب را مشخص کرد. علاوه براین به دلیل تفاوت فرآیند تولید در صنایع مختلف، آگاهی از مراحل تولید در صنایع مختلف به شناخت نوع و میزان آلودگی‌ها در پساب تولیدی کمک شایانی خواهد کرد. مهم‌ترین مراحل تولید پساب در صنایع غذایی شامل موارد زیر می‌شود:
آماده‌سازی مواد خام
پاکسازی و شستشوی مواد اولیه از آلودگی‌ها اولین مرحله بعد از ورود این مواد به کارخانجات صنایع غذایی است که شامل پاکسازی باقی مانده‌های سموم کشاورزی ، گل و لای ، علف و شاخ و برگ و زدودن چربی و اضافات محصولات دامداری است. تمام آب مصرف شده در این مرحله به پسابی شامل مقادیر زیادی جامدات معلق و چربی تبدیل می‌شود.
شستشوی تجهیزات کارخانجات صنایع غذایی
بعد از انجام مراحل فرآوری مواد اولیه که شامل پخت، استرلیزاسیون یا پاستوریزاسیون و تبدیل مواد اولیه به محصول می‌باشد، تجهیزات باید به طور کامل شستشو و ضدعفونی شود. پساب تولید شده در این مرحله دارای مقادیر زیادی چربی و مواد معلق و COD و BOD بالا می‌باشد.
مراحل تصفیه فاضلاب صنایع غذایی
مراحل تصفیه فاضلاب صنایع غذایی در ادامه آورده شده است، که وابسته به کیفیت و میزان پساب تولید شده در هر واحد و نوع آلودگی‌های آن، بعضی از این مراحل اضافه یا حذف می‌شود
آشغال گیری فاضلاب کارخانجات غذایی
جداسازی مواد و ذرات معلق درشت از پساب با استفاده از تورهای سیمی در این مرحله انجام می‌شود. صفحات فلزی سوراخ‌دار جهت جداسازی مواد درشت موجود در پساب در جریان آن قرار داده می‌شود، که معمولا این مرحله به عنوان اولین فرآیند در تصفیه فاضلاب صنایع غذایی الزامی می‌باشد.
دانه گیری در مراحل تصفیه فاضلاب صنایع غذایی
بعد از جداسازی مواد بزرگ باید ذرات دانه‌ای مانند ماسه، شن، تفاله و ... در مرحله دانه‌گیری حذف شود، که حضور این مرحله نیز در فرآیند تصفیه ضروری است.
یکنواخت سازی
به علت نوسان در بار آلودگی و میزان پساب لازم است که جهت غلبه بر این مشکل در بهره برداری و کاهش هزینه ها یکنواخت سازی جریان انجام شود.
ته نشینی
جهت حذف مواد معلق و همچنین کاهش مقداری از BOD از واحد ته‌نشینی استفاده می‌شود. هرچه قدر میزان BOD در این واحد کمتر شود، کاهش BOD در راکتور بیولوژیکی با راندمان بهتر و انرژی کمتری انجام می‌شود.
تصفیه زیستی یا بیولوژیکی
بعد از تصفیه فیزیکی فاضلاب باید تصفیه بیولوژیکی با استفاده از باکتری‌های بی‌هوازی یا هوازی انجام شود. در این مرحله، با فراهم کردن یک محیط مطلوب برای افزایش تعداد و رشد باکتری‌ها، بازه زمانی تصفیه طبیعی را می‌توان کاهش داد.
تصفیه بی هوازی فاضلاب کارخانجات غذایی
اگر بار آلی فاضلاب صنایع غذایی بالا باشد، فرآیند تصفیه بیولوژیکی با استفاده از باکتری‌های بی‌هوازی انجام می‌شود. صنایع کنسروسازی، صنایع لبنی و پروتئینی و دامداری‌ها جزء این دسته هستند.
تصفیه هوازی فاضلاب کارخانجات غذایی
در تصفیه هوازی با رساندن اکسیژن به فاضلاب و افزایش سرعت تکثیر باکتری‌ها، این باکتری‌ها بر روی ذرات تشکیل شده از مواد آلی نشسته و لخته‌هایی تولید می‌شود که تعداد زیادی از باکتری‌های هوازی را با خود حمل می‌کنند. روش‌های رشد چسبیده و لحن فعال (رشد معلق) جزء روش‌های تصفیه بیولوژیکی هوازی هستند.
گند زدایی
در حالت کلی در آخرین مرحله از تصفیه پساب جهت حذف عوامل بیماری زا گندزدایی انجام می‌شود. از جمله روش‌های گندزدایی به استفاده از کلر و ازن می‌توان اشاره کرد.